Aksaray Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 01.11.2016 tarih ve 29875 sayılı kanun ile kurulmuştur. Enstitümüzde yüksek lisans ve doktora öğretimi 2547 Sayılı Yükseköğretim Kanununun amaç ve ilkeleri doğrultusunda “YÖK Lisansüstü Eğitim-Öğretim Yönetmeliği” ve “Aksaray Üniversitesi Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Yönetmeliği” hükümleri çerçevesinde yürütülmektedir.

Enstitümüzde 2024 yılı itibariyle; Acil Yardım ve Afet Yönetimi, Antrenörlük Eğitimi, Biyoistatistik ve Tıp Bilişimi, Dölerme ve Suni Tohumlama, Hemşirelik, Su Ürünleri ve Hastalıkları, Tıbbi Biyoloji,  Veterinerlik Anatomisi, Veterinerlik Cerrahisi, Veterinerlik Fizyolojisi, Veterinerlik Gıda Hijyeni ve Teknolojisi,   Veterinerlik İç Hastalıkları, Veterinerlik Zootekni Anabilim dallarında lisansüstü eğitim yürütülmektedir.

Enstitümüzde 2024 itibariyle açık olan 13 Anabilim dalında; 4 Doktora Programı, 13 Tezli Yüksek Lisans Programı bulunmakta olup toplam 274 kayıtlı öğrenci bulunmaktadır.